1998年香港近海，赤柬出身的一伙恐怖分子从北韩雇佣军手中夺走了拥有巨大杀伤力的生化武器。双方激战中赤柬成员多特（吴彦祖 饰）受伤失忆，香港警方将其收治。反恐怖组织指挥官马力（周华健 饰）接手此案，将多特身上的磁盘文件破解…

　　党首哥顿（柯受良）连同数名不同背景的贼党策划了连环洗劫金行大买卖。行动当日，警方以李Sir（李修贤）为首与匪徒发生激烈枪战，械劫兵团四处逃窜，其中阿虎与阿龙一同杀出重围，而其他党羽却死在警方乱枪之下。老鼠怀疑阿龙是警方…

　　Lisa回想起自己和吴斌的相遇、相识，又通过录像设备看到了吴斌是如何潜伏在泰山老爷身边、发现了R计划并身份暴露。安静也像Lisa坦白了自己同为特工的身份。泰山老爷派手下找回Lisa、安静，双方对峙之时，安静突然背叛Lisa，R计划…

　　天山派李秋水（林青霞 饰）爱上掌门师兄逍遥子，却不知逍遥子所爱的其实是李秋水的孪生妹妹李沧海（林青霞 饰）。而天山童姥巫行云（巩俐 饰）对李沧海亦有超越性别之爱。逍遥子被同门叛徒丁春秋（徐少强 饰）下毒中伤，被迫归隐到飘…