在真嗣沉睡的14年间到底发生了什么？明日香的身上又发生了什么样的变故？绫波零又将面临什么样的结局？神经元的目的逐渐浮出水面，维勒为了阻止神经元，整装待发前往最终决战之地！再见了，所有的新世纪福音战士。

15年前，一场前所未有的大灾难“第二次冲击”席卷全球，令半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。15年后的日本，14岁的少年碇真嗣被三年未见面的父亲碇源堂召来第3新东京市，等待接驳时，眼前的山间突然出现被称为“使徒”的巨大…

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

这故事在熊本开始，时间是道雄从第一刑事部调任后一年。 在熊本地方法院第 2分庭积极进行审判的道雄，正为派系决斗中充当和谈说情的青年诹访遥人被殴打昏迷这一宗人身伤害案件审理中。 被推定为肇事者的内田涉完全承认了指控，案件似乎将…

　　人烟寥落，阴霾苍凉。在这个与大都会形成鲜明对比的萧索小镇，两个有着不同背景的男女相遇了。一个是在东京小有成就的电影导演（岩井俊二 饰），然而他无法直视莫大的空虚与失落，渴望暂时逃离名利场，寻找创作的动力与激情；女孩（…

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其…

　　14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺…

　　在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（…